Le vice-président est nommé dans les conditions prévues au chapitre III du titre Ier du décret du 9 mars 2022 susvisé. Il dirige l'activité du Conseil général dans les conditions prévues par l'article 3 du décret du 9 mars 2022 susvisé.
Le vice-président, assisté d'un bureau, veille à l'indépendance et l'impartialité des travaux.
Le vice-président préside le bureau qui comprend les présidents des sections et le secrétaire général. Le bureau est chargé de définir les conditions et méthodes de travail du Conseil général et de procéder à la répartition des moyens qui lui sont alloués.
Ces conditions de travail et méthodes de travail sont précisées par le règlement intérieur qui fixe les modalités d'attribution et de réalisation des missions. Elles garantissent l'indépendance des membres, la liberté de rédaction des rapports et conclusions, le droit pour chaque inspecteur de maintenir dans les travaux une opinion divergente et le principe de la revue collective des travaux. Le règlement intérieur est approuvé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture sur proposition de l'assemblée générale du Conseil général. Avec l'appui du bureau, le vice-président prépare le programme annuel d'activité.
Un comité d'orientation, présidé par le ministre ou son directeur de cabinet, réunit, au moins une fois par an, le secrétaire général et les directeurs d'administration centrale du ministère chargé de l'agriculture ainsi que les membres du bureau. Il peut associer à ses travaux d'autres départements ministériels pour lesquels le Conseil général réalise des missions. Il arrête le programme annuel d'activité.