Le Conseil général comprend, dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, une section chargée de l'audit, de l'inspection et du contrôle, des sections thématiques dont le nombre ne peut être supérieur à six et un secrétariat général.
L'assemblée générale du Conseil général assure l'unité de conception et d'action du Conseil Général. L'assemblée générale réunit les membres du Conseil général mentionnés à l'article 2 sous la présidence du ministre ou du vice-président.
Le programme annuel d'activités mentionné à l'article 4 ainsi que le rapport annuel mentionné à l'article 7 sont présentés en assemblée générale.
Les sections ont pour mission d'assurer la réflexion collective de leurs membres, de répondre à leurs demandes aux différentes phases de leurs travaux et de participer à l'élaboration d'outils méthodologiques. Elles contribuent à la formation permanente de leurs membres. Elles peuvent être sollicitées pour procéder à une revue collective des missions.
Les présidents de section sont chargés d'animer les sections, de veiller à la qualité de forme et de fond des travaux des missions et à l'impartialité de leurs conclusions. Les présidents de section et le secrétaire général sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture sur proposition du vice-président parmi les inspecteurs généraux du groupe d'emploi I mentionné à l'article 10 du décret du 9 mars 2022 susvisé et les personnes mentionnées au c) et d) de l'article 2 ayant atteint l'échelon spécial ou la classe exceptionnelle du grade terminal de leur corps ainsi que celles mentionnées au e) de l'article 2. Ils sont nommés pour une durée initiale maximale de cinq ans renouvelable, dans la limite, le cas échéant, du délai restant à courir de leur détachement sur l'emploi fonctionnel d'inspecteur général.
A l'issue des missions, le vice-président adresse les rapports aux ministres intéressés et propose les modalités selon lesquelles ils pourront être communiqués.