Les services sont organisés en pôles constitués comme suit :
- un pôle juridique, compétent pour les questions relatives au traitement des dossiers de manquement, au recouvrement des amendes et aux contentieux qui peuvent en résulter. Le rapporteur permanent est également responsable du pôle juridique ; le rapporteur suppléant est adjoint au responsable de pôle ;
- un pôle technique compétent pour toutes les questions relatives aux nuisances sonores, aux conditions de survol des territoires, aux émissions atmosphériques, aux pollutions des eaux et sols ainsi qu'à la biodiversité. Il assure le traitement et la valorisation des données environnementales ;
- un pôle communication et administration, placé sous la responsabilité du secrétaire général adjoint et chargé de la gestion de proximité pour les ressources humaines et les finances, des systèmes d'information, de la communication et de l'information.