Pour chaque unité hospitalière sécurisée interrégionale, un protocole de fonctionnement précise l'organisation interne de l'unité hospitalière sécurisée interrégionale, sa capacité et son ressort territorial. Il aborde notamment :
- les missions des acteurs concernés ;
- les conditions d'admission ;
- les conditions de déambulation des personnes détenues dans les couloirs ou espaces extérieurs ;
- les modalités de visites des proches des personnes détenues ;
- les modalités de sortie ;
- les conditions de transport des personnes détenues ;
- les modalités d'accès liées aux urgences et plus particulièrement liées aux urgences vitales.
Il fixe également les modalités de gestion de la situation administrative et pénale des personnes détenues pendant la durée de leur hospitalisation.
Il prévoit les modes d'organisation interne définis entre les acteurs concernés afin d'assurer, notamment, la circulation de l'information nécessaire au bon fonctionnement de l'unité hospitalière sécurisée interrégionale. Il comprend également les modalités de coordination entre l'unité hospitalière interrégionale sécurisée et l'unité sanitaire en milieu pénitentiaire.
Le protocole est élaboré et signé par le centre hospitalier universitaire de rattachement de l'unité hospitalière sécurisée interrégionale, l'agence régionale de santé territorialement compétente ainsi que l'établissement pénitentiaire de rattachement de l'unité hospitalière sécurisée interrégionale. En sont également signataires, la direction interrégionale des services pénitentiaires et, le cas échéant, la direction interrégionale de la protection judiciaire de la jeunesse.