Les données relatives au vote sont conservées pendant un délai de deux ans et dans les conditions fixées au e du paragraphe 1 de l'article 5 du règlement général sur la protection des données susvisé, aux articles L. 212-2 et L. 212-3 du code du patrimoine et au 5° de l'article 4 de la loi du 6 janvier 1978 susvisée, des fichiers supports comprenant la copie des programmes sources et des programmes exécutables, les matériels de vote, les fichiers d'émargement, de résultats et de sauvegarde. La procédure de décompte des votes doit, si nécessaire, pouvoir être exécutée de nouveau.
Au terme de ce délai de deux ans, sauf lorsqu'une action contentieuse a été engagée, le président du bureau de vote électronique procède à la destruction des fichiers supports sous le contrôle du délégué ministériel à la protection des données ou de son délégué. Seuls sont conservés les listes de sigles, les procès-verbaux de l'élection ainsi que les actes de nomination des membres du bureau de vote électronique.