Une commission pédagogique est mise en place auprès du directeur de l'établissement de formation. Elle comprend, outre le directeur d'établissement ou son représentant, le responsable de la formation, deux enseignants ou formateurs intervenant dans la formation préparant au certificat d'aptitude aux fonctions de directeur d'établissement ou de service d'intervention sociale, deux candidats suivant la formation et deux représentants du secteur professionnel.
Elle veille à la mise en œuvre des orientations du projet pédagogique et aux conditions générales d'organisation de la formation. Les allègements de formation lui sont soumis pour avis.