L'agrément peut être suspendu ou retiré par le directeur du STRMTG dans les formes prévues aux articles L. 121-1, L. 121-2 et L. 122-1 du code des relations entre le public et l'administration, lorsque l'organisme qualifié ne répond plus aux conditions posées lors de la délivrance de son agrément ou s'il est constaté un manquement aux dispositions mentionnées à l'article R. 3152-25 et au dernier paragraphe de l'article R. 3152-26 du code des transports ou un refus de se conformer aux dispositions du troisième paragraphe de l'article R. 3152-29 du même code.
La décision de suspension ou de retrait est prononcée après que l'organisme qualifié a été mis à même de présenter ses observations écrites ou orales, portant notamment sur les mesures correctrices ou les modifications d'organisation qu'il envisage.
En cas d'urgence, le directeur du STRMTG peut suspendre immédiatement l'agrément d'un organisme qualifié pour une durée maximale de deux mois.
Un organisme qualifié ayant fait l'objet d'un retrait d'agrément ne peut demander un nouvel agrément pendant un délai pouvant atteindre, suivant l'importance du manquement sanctionné, deux ans à compter du retrait. Ce délai est porté à cinq ans en cas de récidive.