Le montant mensuel de référence de l'indemnité pour mission exclusive varie selon le niveau d'habilitation détenu par le militaire.
Les montants mensuels alloués individuellement peuvent être modulés en fonction de l'importance des responsabilités exercées, de la manière de servir et des sujétions de toute nature inhérente à l'exercice des missions.
Un arrêté conjoint du ministre de l'intérieur, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la fonction publique fixe le montant mensuel de référence de cette indemnité ainsi que le coefficient minimal et maximal de modulation éventuelle afférent.
Ce coefficient de modulation ne peut excéder 110 %.