La formation donne lieu à deux évaluations distinctes :
- une première portant sur la formation théorique reçue par les inspecteurs stagiaires. Celle-ci donne lieu à un contrôle continu des connaissances ;
- une seconde portant sur un stage de professionnalisation sur le futur poste d'affectation ou dans l'intérêt de l'administration sur un poste présentant un intérêt particulier au regard du futur poste occupé. Celle-ci donne lieu à une évaluation de l'aptitude aux fonctions d'inspecteur des douanes et droits indirects.
Le stagiaire doit satisfaire à chacune des deux formes d'évaluation pour être proposé à la titularisation.