Conformément aux dispositions de l'article L. 122-1-1 du code de l'environnement, l'annexe 3 mentionne les mesures à la charge du maître d'ouvrage destinées à éviter, réduire et compenser les effets négatifs notables du projet sur l'environnement et la santé humaine et les modalités du suivi associées. Les études détaillées préciseront, le cas échéant, ces mesures avant le début des travaux.
Les mesures relatives à la protection de l'eau, des milieux aquatiques et des zones humides, celles relatives aux espèces et habitats d'espèces protégées, ainsi que celles relatives au défrichement pourront être adaptées, dans le respect des mêmes objectifs, par des prescriptions fixées dans le cadre d'arrêtés ultérieurs, pris en application des articles L. 181-1 à L. 181-31 du code de l'environnement.