Durant la période d'habilitation ou lors d'une première demande, la conformité de la mise en œuvre du contrôle en cours de formation par l'organisme de formation est vérifiée par les corps d'inspection pendant les périodes de formation en établissement pour les publics concernés.
En cas de difficultés dûment constatées, par l'inspecteur compétent ou par le responsable de l'organisme de formation concernant le déroulement de l'évaluation, le recteur d'académie peut prendre la décision d'exiger que le candidat subisse une nouvelle évaluation en contrôle en cours de formation et, en cas d'impossibilité majeure, d'autoriser celui-ci à se présenter à l'épreuve ponctuelle.