Un complément de rémunération intitulé 13e mois est alloué aux agents (contractuels permanents, contrat à durée déterminée dans le cas d'une mission ou d'un projet spécifique, fonctionnaires titulaires accueillis en détachement ou mis à disposition) ayant compté dans les effectifs au minimum trois mois de présence.
Il correspond à un mois de traitement indiciaire brut et d'indemnité de résidence (pour les agents qui la perçoivent) pour les agents de catégorie A+, A, B et C, à un mois et demi pour les agents exerçant la fonction de secrétaire général et de directeur et à deux mois pour l'agent exerçant la fonction de directeur général (mois de référence : octobre).
Il est versé avec la paie du mois de novembre de chaque année, au prorata temporis de la quotité annuelle de travail et de la présence de l'agent au cours de l'année, y compris pour les agents ayant quitté l'Autorité en cours d'année.