La commission spécialisée « maladies infectieuses et maladies émergentes » réunit l'expertise scientifique nécessaire à l'analyse de l'ensemble des questions relatives aux maladies infectieuses et aux maladies émergentes, notamment celles qui concernent les principaux risques infectieux pouvant menacer la santé de la population, et à l'évaluation des stratégies de gestion de ces risques.
Les directeurs généraux de l'Agence nationale de santé publique, de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, de l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé et de l'Etablissement français du sang et le président du collège de la Haute Autorité de santé, ou leurs représentants, sont membres de droit de cette commission spécialisée.