Dans les cas où les mesures visées à l'article 3 ne peuvent être mises en œuvre ou ne suffisent pas à résoudre la problématique exposée, et sous réserve de l'accord préalable de la victime présumée, le signalement fait alors l'objet d'un traitement approfondi par l'organisme spécialisé, qui prend contact avec le service d'affectation pour un échange contradictoire. Ce dernier est tenu d'apporter tous éléments de nature à éclairer la situation.
Dans le cadre du traitement approfondi, dans les meilleurs délais possibles et au plus tard dans les trois mois, l'organisme spécialisé établit un rapport proposant son évaluation du signalement effectué et préconisant en tant que de besoin les mesures, y compris conservatoires, qu'il juge utiles afin de faire cesser les faits à l'origine du signalement et d'assurer la protection de la victime présumée. Ce rapport est transmis à la secrétaire générale du ministère.