La formation en milieu professionnel comprend 47 semaines de stage à réaliser en milieu professionnel. Une proposition d'organisation des stages avec la répartition des crédits européens est décrite dans le référentiel de formation en annexe III. Les disciplines obligatoires définies dans ce référentiel sont respectées. Six semaines minimum permettent à l'étudiant de réaliser des missions d'assistant chirurgical.
Les périodes en milieu professionnel peuvent se réaliser en établissement de santé public ou privé, dans un hôpital des armées ou auprès de chirurgiens libéraux. Pour les étudiants dont la formation est financée par leur employeur, hormis les alternants, un maximum de vingt-trois semaines de la période en milieu professionnel peut être réalisé chez cet employeur à condition de ne pas revenir dans le secteur interventionnel dans lequel ils travaillaient antérieurement et dans le respect des disciplines obligatoires mentionnées au précédent alinéa et de la présence d'au moins un encadrant infirmier de bloc opératoire diplômé d'Etat.
Conformément à l'article 7 de l'arrêté du 10 juin 2021 susvisé, les terrains de stage sont agréés par le directeur de l'école en concertation avec l'université. L'agrément précise l'engagement de la structure à mettre à disposition les ressources nécessaires à un apprentissage de qualité, en énonçant notamment la présence de professionnels infirmiers de bloc opératoire diplômé d'Etat, les activités proposées en lien avec les compétences à valider, le dispositif d'évaluation prévu et le nombre de stagiaires autorisés simultanément pour chaque terrain de stage.
Une convention de stage est signée entre l'apprenant, le directeur de l'école et la structure d'accueil en milieu professionnel ou, le cas échéant, le chirurgien ou la société d'exercice libéral de chirurgiens.
Le responsable de la structure d'accueil ou le maître de stage ou le cas échéant le maître d'apprentissage lorsque le stage est effectué par un apprenti chez son employeur, désigne un tuteur de stage infirmier de bloc opératoire diplômé d'Etat ou chirurgien pour les actes et activités en lien avec la compétence 3 qui assure l'encadrement du stagiaire.