Le paiement des aides européennes relevant du FEAMPA au bénéficiaire est effectué par les organismes intermédiaires régionaux pour les objectifs spécifiques régionaux, et par FranceAgriMer pour les objectifs spécifiques nationaux et les objectifs régionaux pour les territoires de Saint-Martin et Mayotte et les régions continentales.
L'Agence de services et de paiement, en tant que délégataire de l'autorité de gestion pour la fonction comptable, est responsable de la transmission des déclarations de dépenses éligibles supportées par le bénéficiaire et sur la base desquelles la Commission européenne détermine les montants des paiements intermédiaires et du paiement final à effectuer pour le programme. Elle établit un état de répartition afin que le service de contrôle budgétaire et comptable ministériel près les ministères financiers puisse verser les crédits européens aux organismes de paiement des aides et à l'autorité de gestion pour l'assistance technique nationale.
Les crédits européens relevant du programme financé par le FEAMPA sont perçus par les organismes intermédiaires et l'autorité de gestion pour l'assistance technique nationale par l'intermédiaire du service du contrôle budgétaire et comptable ministériel près les ministères financiers. Le cas échéant, les versements opérés auprès des organismes intermédiaires régionaux sont opérés déduction faite des corrections financières individuelles, extrapolées et forfaitaires. Ces corrections peuvent aussi faire l'objet d'un titre exécutoire émis par l'autorité de gestion à destination des organismes intermédiaires régionaux.