Le conseil supérieur de santé des armées est présidé par l'inspecteur du service de santé des armées. Le directeur central du service de santé des armées désigne son suppléant parmi les inspecteurs du service de santé pour chacune des FAFR.
Le conseil supérieur de santé des armées est composé, avec voix délibérative :
- de l'inspecteur du service de santé des armées ;
- des inspecteurs du service de santé auprès de chacune des FAFR ou de leurs suppléants désignés par le directeur central du service de santé des armées sur proposition de l'inspecteur du service de santé des armées ;
- des médecins conseillers auprès des chefs d'état-major de chacune des FAFR ou de leurs suppléants, désignés par le directeur central du service de santé des armées sur proposition de l'inspecteur du service de santé des armées. Ils sont sollicités uniquement sur les recours de militaires ressortissant de l'état-major qu'ils conseillent ;
- d'un officier ou de son suppléant, représentant la FAFR du militaire concerné, désigné par le commandement qu'il représente. Il est sollicité uniquement sur les recours de militaires ressortissant de son propre commandement. Sa présence a pour objectif d'orienter l'avis du conseil sur des critères d'employabilité, de parcours professionnel, d'adaptation de l'affectation et de besoin de l'institution, en complément des critères médicaux.
Des experts médicaux, praticiens des armées, peuvent être convoqués au conseil par l'inspecteur du service de santé des armées si leur présence est nécessaire à l'examen du dossier. Ces experts participent aux travaux uniquement sur les recours pour lesquels ils sont sollicités. Contrairement aux autres membres du conseil, ils n'ont qu'une voix consultative.
Les participants au conseil supérieur de santé des armées sont tenus au secret.
Les membres du conseil national de santé dont l'avis est contesté auprès du conseil supérieur de santé des armées ne peuvent y siéger.