Le secrétariat du conseil national de santé des armées est assuré par un officier de la direction de la médecine des forces désigné par le président.
Le conseil se réunit sur convocation de son président.
Avec l'accord du président, le conseil peut demander tout avis spécialisé nécessaire à la bonne appréciation d'un dossier.
Le conseil national de santé prononce ses avis sur dossier. Le militaire peut, à sa demande, être entendu par le conseil national de santé des armées.
Les avis du conseil national de santé des armées sont votés à la majorité des voix délibératives. En cas d'égalité, la voix du président est prépondérante.
En cas d'absence d'un des membres, le conseil peut poursuivre ses travaux si au moins trois membres sont présents dont le président et le représentant du commandement.
Chaque avis émis fait l'objet d'un procès-verbal signé par l'ensemble des membres ayant voix délibérative.
Ce procès-verbal précise la possibilité de recours devant le conseil supérieur de santé des armées dans un délai maximum de deux mois après notification de l'avis au militaire concerné. Il est établi en trois exemplaires destinés :
- à l'autorité en charge des ressources humaines, selon des modalités propres à chaque FAFR, pour décision administrative ;
- au centre médical du service de santé des armées pour information de l'autorité d'emploi et insertion de la copie dans le dossier médical de l'intéressé ;
- à l'intéressé par l'intermédiaire du centre médical du service de santé des armées qui lui notifie.
La décision administrative est notifiée à l'intéressé par sa hiérarchie. Une copie de la décision est communiquée au centre médical du service de santé des armées dont dépend le militaire ainsi qu'au conseil national de santé des armées.