Les volontaires du SMA reçoivent les vaccins prévus par le calendrier vaccinal défini par le service de santé des armées. Seul un médecin des armées est habilité à établir les éventuelles contre-indications aux vaccinations réglementaires.
Une contre-indication ou le refus d'une ou de plusieurs vaccinations peut amener le médecin des armées à définir des restrictions d'emploi.