Le président du Conseil national de protection de la nature, ou toute personne mandatée par lui, désigne un rapporteur de la demande d'agrément, disposant de compétences en matière de flore, de fonge, de végétations et d'habitats. Le rapporteur peut demander la fourniture de pièces complémentaires dans la mesure où elles sont nécessaires à appréhender les activités mises en œuvre par le demandeur ainsi que son organisation. Il peut également rencontrer les partenaires financiers et techniques du demandeur.
Le rapporteur visite l'établissement du demandeur et établit un rapport.