Les coûts des contrôles de qualité sont à la charge des conseils régionaux, à l'exclusion du contrôle structurel des cabinets à implantations multiples dans plus de trois régions et du contrôle structurel des associations de gestion et de comptabilité qui sont à la charge du conseil supérieur.
Un barème national est déterminé, à titre indicatif, chaque année par le conseil supérieur pour la rémunération des contrôleurs.