L'arrêt temporaire ne donne lieu en principe qu'à un seul paiement versé après dépôt par le demandeur d'une demande de liquidation et de son traitement par les services compétents. Cependant, l'arrêt temporaire peut donner lieu à un versement intermédiaire si un minimum de 15 jours d'arrêts effectifs ont été réalisés au moment du dépôt par le demandeur d'une première demande de liquidation et de son traitement par les services compétents. L'arrêt temporaire ne donne pas lieu à plus d'un paiement intermédiaire.
Dans le cas où un contrôle en mer aurait identifié un navire en activité de pêche alors même que celui-ci était inscrit comme en arrêt à la date du contrôle mené, les services de contrôle en informent le service instructeur. Le résultat du contrôle est alors versé au dossier du demandeur et rend sa demande de paiement automatiquement inéligible, indépendamment des autres poursuites possibles.
L'enveloppe budgétaire consacrée à la mesure ainsi que les modalités de mise en œuvre sont fixées par instruction de la ministre chargée des pêches maritimes.
Dans le cas où les demandes d'aide excéderaient l'enveloppe budgétaire, les demandes seront traitées prioritairement en fonction de leur date de dépôt auprès des services instructeurs.