Conformément à l'article R. 813-66 du code rural et de la pêche maritime, l'aide financière versée par l'Etat comprend une part variable correspondant à l'exécution d'objectifs fixés par chaque contrat dans les domaines de l'enseignement, de la recherche, du transfert, de la valorisation et du développement international.
La part variable est égale au moins à 10 % et au plus à 25 % du montant de la part fixe. Elle est notifiée et versée chaque année par le ministre chargé de l'agriculture en fonction de l'évaluation annuelle de la réalisation des objectifs.