Les ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé publient les vacances d'emplois des professeurs des universités-praticiens hospitaliers et des maîtres de conférences des universités-praticiens hospitaliers, qui sont ouverts respectivement aux agents des deux corps candidats à une mutation. Ils prononcent les mutations après avis du conseil de l'unité de formation et de recherche et de la commission médicale d'établissement.
Les changements d'unité de formation et de recherche, les changements de centre hospitalier universitaire, et les affectations à un emploi dont l'intitulé soit hospitalier, soit universitaire est différent sont effectués par voie de mutation.
Les professeurs des universités-praticiens hospitaliers et les maîtres de conférences des universités-praticiens hospitaliers qui ne justifient pas de trois ans de fonctions en position d'activité dans un même centre hospitalier et universitaire ne peuvent obtenir une mutation dans un autre centre hospitalier et universitaire qu'avec l'accord du directeur de l'unité de formation et de recherche concernée et du directeur général du centre hospitalier universitaire où ils sont affectés, après avis favorable du conseil de l'unité de formation et de recherche et de la commission médicale d'établissement concernés.