Hormis le cas où le fonctionnaire ne peut prétendre à un congé de longue maladie à plein traitement, un congé de longue durée ne peut lui être accordé qu'au terme de la période rémunérée à plein traitement du congé de longue maladie. Cette période est réputée être une période du congé de longue durée accordé pour la même affection.
Tout congé attribué par la suite pour cette affection est un congé de longue durée.