Le Haut Conseil est doté d'un agent comptable, nommé par arrêté conjoint des ministres chargés du budget, de la recherche et de l'enseignement supérieur, après avis du président du Haut Conseil.
L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement dans les conditions définies à l'article 60 de la loi du 23 février 1963 susvisée.