Le Haut Conseil est soumis aux règles budgétaires et comptables publiques. Ces règles, précisées dans le règlement comptable et financier mentionné à l'article 3, sont définies en application des articles 18 à 20, 24, 29, 38, 50 à 52, 54, 59, 168, 175 à 184, 192 à 196, 198 à 212 et 214 du décret du 7 novembre 2012 susvisé.
L'exercice budgétaire et comptable débute le 1er janvier et s'achève le 31 décembre.
Les délibérations du collège relatives au budget et à ses modifications sont adressées pour information aux ministres chargés de la recherche, de l'enseignement supérieur et du budget.