Conformément à l'article L. 592-41 du code de l'environnement, le président de la commission des sanctions est élu pour trois ans par les membres titulaires de celle-ci.
En cas d'empêchement du président, déclaré par ce dernier ou avéré, la présidence de la commission est assurée par le membre titulaire le plus ancien et, en cas de même ancienneté, par le membre titulaire le plus âgé.