Lorsque l'existence de la tuberculose est confirmée, la qualification « indemne d'infection par le complexe Mycobacterium tuberculosis » est retirée et le troupeau est placé sous arrêté préfectoral portant déclaration d'infection, qui prescrit l'application des mesures d'assainissement suivantes :
1° Visite et recensement des bovins et des animaux d'autres espèces sensibles présents dans l'exploitation ;
2° Isolement et séquestration de tous les animaux du troupeau jusqu'à leur abattage ;
3° Isolement et séquestration des animaux d'autres espèces sensibles à la tuberculose ;
4° Interdiction de laisser entrer dans les locaux ou les herbages de l'exploitation des animaux de l'espèce bovine ou d'autres espèces sensibles provenant d'autres troupeaux, sauf dérogation spécifique accordée par le préfet ;
5° Interdiction de laisser sortir de l'exploitation des animaux de l'espèce bovine ou d'une autre espèce sensible, sauf dérogation spécifique accordée par le préfet ;
6° Abattage des animaux du troupeau de bovins reconnu infecté et, le cas échéant, abattage des autres animaux d'espèces sensibles détenus dans l'exploitation ;
7° Réalisation, d'une enquête épidémiologique approfondie visant à déterminer la source et les conditions dans lesquelles l'infection tuberculeuse s'est propagée à l'élevage infecté et à identifier les élevages suspects ou susceptibles d'avoir été infectés à partir du troupeau infecté. Le directeur départemental en charge de la protection des populations informe le directeur départemental en charge de la protection des populations du département d'implantation des élevages concernés en vue de la mise en œuvre des mesures prévues aux articles 17 et 19 du présent arrêté ;
8° Mise en œuvre des mesures de gestion du lait et des produits laitiers prescrites au point I du chapitre Ier de la section IX de l'annexe III du règlement 853/2004 susvisé ;
9° Mise en œuvre de mesures de nettoyage et de désinfection assorties d'une période de vide sanitaire et de la mise en œuvre de conditions de fonctionnement ou d'aménagements destinés à prévenir un risque de re-contamination ou de diffusion de la maladie.