Les membres de la commission régionale paritaire ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions.
Le président, les membres de la commission ayant voix délibérative et les personnes convoquées sont indemnisées de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.
Lorsqu'ils sont appelés à siéger, les membres des commissions régionales paritaires bénéficient d'autorisations d'absence.