La décision d'habilitation est prise par le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt au vu de l'examen du dossier de demande constitué par le directeur de l'établissement.
La demande d'habilitation est transmise au moins cinq mois avant le début de la formation à la direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt, qui dispose d'un délai de deux mois pour faire connaître sa décision à compter de la date de réception du dossier complet. A condition de prévenir les établissements concernés au moins huit mois avant la rentrée scolaire, le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt peut fixer des échéances pour le dépôt des dossiers spécifiques à chaque établissement. Les délais d'instruction restent de deux mois pour chacun des dossiers.
Pour rendre sa décision, le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt sollicite l'avis de l'inspection de l'enseignement agricole.