Les avis de la commission font l'objet d'un vote, lorsque la décision ne procède pas d'un consensus.
Le président, les médecins des armées et le représentant des FAFR dont relève le personnel présenté devant la commission, prennent seuls part au vote.
En cas de présentation d'un dossier d'opérateur ou de contrôleur aérien, l'officier supérieur du personnel navigant représentant de l'armée dont relève le personnel présenté devant la commission et l'officier supérieur contrôleur l'accompagnant se concertent avant le vote. Seul l'officier supérieur du personnel navigant participe au vote.
En cas de présentation de dossier d'un parachutiste, prennent part au vote, outre le président, les quatre médecins des armées permanents, l'officier supérieur du personnel navigant représentant la FAFR dont relève le personnel présenté devant la commission, ainsi que le médecin des armées présent exerçant ou ayant exercé au profit d'une unité parachutiste et l'officier supérieur breveté parachutiste de l'armée d'appartenance de l'intéressé et servant ou ayant servi en unité parachutiste.
La majorité des voix est requise. En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.
L'avis de la commission est adressé pour décision à l'autorité qui a saisi la commission.