La CMAD est présidée par l'inspecteur du service de santé pour l'armée de l'air (ISSAA) ou son suppléant.
En plus de son président, la commission est composée :
- de deux médecins des armées compétents en médecine aéronautique, exerçant ou ayant exercé au profit de l'armée de l'air ;
- d'un médecin des armées compétent en médecine aéronautique, exerçant ou ayant exercé au profit de la marine nationale ;
- d'un médecin des armées compétent en médecine aéronautique, exerçant ou ayant exercé au profit de l'armée de terre ;
- d'un officier supérieur du personnel navigant de l'aviation légère de l'armée de terre ;
- d'un officier supérieur du personnel navigant de l'aéronautique navale ;
- d'un officier supérieur du personnel navigant de l'armée de l'air.
En fonction des dossiers étudiés doivent également être présents :
- un officier supérieur, membre du personnel navigant, du commandement des forces aériennes de la gendarmerie nationale ;
- un officier supérieur de la direction générale pour l'armement ;
- un membre du personnel navigant représentant l'autorité d'emploi pour les dossiers ne relevant pas des FAFR.
En cas de présentation de dossier d'opérateur ou de contrôleur aérien, l'officier supérieur du personnel navigant représentant la FAFR est accompagné d'un officier supérieur contrôleur aérien.
En cas de présentation de dossier d'un parachutiste, sont présents un médecin des armées exerçant ou ayant exercé au profit d'une unité parachutiste, ainsi qu'un officier supérieur breveté parachutiste de la force armée ou formation rattachée d'appartenance de l'intéressé et servant ou ayant servi en unité parachutiste.
La présence des médecins des armées ou de leurs suppléants est obligatoire. La présence des représentants des autorités d'emploi ou de leurs suppléants est obligatoire pour les dossiers les concernant.
Le président de la CMAD peut faire appel à tout avis supplémentaire, sans voix délibérative.
Le directeur central du SSA désigne le suppléant du président de la CMAD, les membres médecins des armées et leurs suppléants. Les autorités d'emploi désignent leurs représentants et leurs suppléants.
Les participants à la commission sont tenus au secret.
En cas de nécessité, la commission peut se réunir en visioconférence.