L'ordre du jour est établi par la présidente ou le présidente ; il comporte obligatoirement toute question dont l'inscription est demandée dix jours au moins avant la séance par au moins trois membres de la Commission.
Les propositions de nomination de garants et de garantes des projets et plans et programmes soumis à évaluation environnementale, mais hors champs CNDP (articles L. 121-17), sont transmis pour avis 5 jours avant la séance aux membres, mais ne sont évoqués en séance que sur demande formelle de l'un ou l'une de ses membres.