Le paiement de l'aide est effectué sur présentation d'un dossier de liquidation figurant le nombre de jours d'arrêt effectivement réalisés, inférieur ou égal au plafond déclaré dans la demande d'aide.
Dans le cas où un contrôle en mer aurait identifié un navire en activité de pêche alors même que celui-ci était inscrit comme en arrêt temporaire à la date du contrôle mené, les services de contrôle en informent la direction interrégionale de la mer du ressort d'immatriculation du navire concerné par la demande d'aide. Le résultat du contrôle est versé au dossier du demandeur, et rend son dossier intégralement inéligible au paiement de l'aide.