La procédure d'habilitation est organisée de manière concomitante aux quatre écoles nationales vétérinaires pour la durée des clauses communes aux écoles nationales vétérinaires du contrat pluriannuel liant les établissements publics d'enseignement supérieur agricole concernés avec l'Etat.
Elle repose sur l'instruction par le ministre chargé de l'agriculture d'un dossier d'habilitation. Ce dossier est transmis par chaque directeur d'établissement accompagné de la délibération d'approbation du dossier d'habilitation par le conseil d'administration, après avis du conseil des enseignants et du conseil de l'enseignement et de la vie étudiante.