Le transfert de missions est mis en œuvre dans le cadre d'une convention de transfert de missions conclue entre la société SNCF Réseau et l'autorité organisatrice de transport ferroviaire bénéficiaire du transfert.
Cette convention détermine notamment la nature des missions de gestion de l'infrastructure transférées, la date à laquelle le transfert intervient, le cas échéant sa durée, le nombre de salariés concourant à l'exercice des missions transférées, les effectifs mis à disposition par la société SNCF Réseau dans les conditions prévues au chapitre IV, les conditions de la transaction financière mentionnée au I de l'article L. 2111-9-1 A du code des transports, et les modalités de reprise par la société SNCF Réseau des missions transférées à l'issue du transfert le cas échéant. En particulier, cette convention prévoit les caractéristiques techniques qui devront le cas échéant être respectées par les différents composants de la ligne en fin de transfert.
Si, à l'issue du transfert de missions, les composants de la ligne ne satisfont pas aux caractéristiques techniques mentionnées à l'alinéa précédent, le bénéficiaire du transfert prend en charge les coûts de remise en état de la ligne par la société SNCF Réseau, et le cas échéant par la société SNCF Gares & Connexions, permettant de les satisfaire, sauf en cas d'accord entre les parties sur des modalités différentes, en particulier dans la convention de transfert de missions.