La sous-direction des affaires nucléaires :
1° Pilote, pour les infrastructures et installations liées au nucléaire et à la dissuasion, les opérations d'investissement, de maintien en condition opérationnelle, d'exploitation et de démantèlement dans le domaine de compétence du service d'infrastructure de la défense. A ce titre, elle fixe et mesure les objectifs des organismes extérieurs du service d'infrastructure de la défense ;
2° Assure la direction de programme pour les opérations de grande ampleur afférentes aux infrastructures nucléaires et de dissuasion dont les critères de coût, de complexité et de délai sont fixés par instruction ;
3° Conduit les opérations afférentes aux infrastructures nucléaires et de dissuasion que la direction centrale du service d'infrastructure de la défense estime, en opportunité, devoir relever de son niveau ;
4° Recueille, propose une priorisation et exprime, pour les infrastructures et installations liées au nucléaire et à la dissuasion, les besoins auprès des états-majors, directions et services dans le domaine des investissements de maintenance lourde ; elle participe à la conduite de ces opérations ;
5° Assiste les états-majors, directions et services en matière d'expression des besoins, de programmation et de suivi des opérations afférentes aux infrastructures nucléaires et de dissuasion ;
6° Contrôle la prise en compte des contraintes spécifiques à la sécurité nucléaire et le respect des exigences de soutien des forces nucléaires ;
7° Elabore les directives et la documentation technique relatives au pilotage et à la conduite des opérations afférentes aux infrastructures nucléaires et de dissuasion ;
8° Coordonne le processus de gestion de crise à caractère nucléaire au sein du service d'infrastructure de la défense ;
9° Assure le dialogue avec les acteurs du nucléaire de défense.