Le secrétariat de la Cour nationale du droit d'asile est assuré par un secrétaire général nommé par le vice-président du Conseil d'Etat sur proposition du président de la cour.
Sous l'autorité du président de la cour, le secrétaire général encadre les services de la juridiction et veille à leur bon fonctionnement. Il est assisté par des secrétaires généraux adjoints.
Sous l'autorité du président de la cour, le secrétaire général est également chargé du bon déroulement de la procédure juridictionnelle.
L'exécution des actes de procédure est assurée par le secrétaire général et les agents qu'il désigne. A cet effet le secrétaire général peut signer les courriers informant les parties des mesures prises par la cour pour la mise en état et l'instruction des recours et la convocation des parties à l'audience. Il peut également, avec l'accord du président de la cour, déléguer sa signature pour une partie de ses attributions aux agents placés sous son autorité.