Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel près le ministre de l'éducation nationale, de la jeunesse et des sports et la ministre de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation est désigné pour exercer le contrôle budgétaire des organismes suivants :
- Académie des technologies ;
- Académie des sciences d'outre-mer ;
- Agence nationale de la recherche ;
- Centre d'études et de recherches sur les qualifications ;
- Centre national de la recherche scientifique ;
- Centre national d'enseignement à distance ;
- Centre national des œuvres universitaires et scolaires ;
- Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France ;
- Etablissement public d'aménagement universitaire de la région Ile-de-France ;
- France Education International ;
- Institut de recherche pour le développement ;
- Institut des hautes études pour la science et la technologie ;
- Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement ;
- Institut national de la santé et de la recherche médicale ;
- Institut national de recherche en informatique et en automatique ;
- Institut national d'études démographiques ;
- Musée national du sport ;
- Office national d'information sur les enseignements et les professions ;
- Réseau Canopé.