Les capitaines de port en chef sont nommés par arrêté du ministre de la mer pour une durée maximale de cinq ans renouvelable, sans que la durée totale puisse excéder dix ans dans le même emploi.
Les agents nommés dans cet emploi sont placés en position de détachement de leur corps d'origine.
Les intéressés peuvent se voir retirer cet emploi dans l'intérêt du service.
Lorsqu'un fonctionnaire occupant un emploi de capitaine de port en chef se trouve, à l'issue de son détachement, dans la situation d'obtenir, dans un délai égal ou inférieur à deux ans, la liquidation de ses droits à pension au taux maximum défini au I de l'article L. 13 du code des pensions civiles et militaires de retraite, une prolongation exceptionnelle de détachement dans le même emploi peut lui être accordée, sur sa demande, pour une période de deux ans maximum. Il en va de même pour un agent se trouvant à deux ans ou moins de la limite d'âge qui lui est applicable.