Les visites d'information et de prévention et l'examen médical d'aptitude du suivi individuel renforcé donnent lieu à l'ouverture d'un dossier médical en santé au travail. Ce dossier retrace notamment les informations relatives à l'état de santé, les expositions auxquelles a été soumis l'agent ainsi que les avis du médecin du travail tout au long de sa carrière professionnelle. Ce dossier est constitué sous la responsabilité du médecin du travail dans les conditions prévues à l'article L. 4624-8 du code du travail. La tenue de ce dossier garantit les règles de confidentialité et du secret professionnel.
En cas de changement de service de médecine de prévention assurant le suivi d'un agent, son dossier médical en santé au travail est communiqué au médecin du travail pour assurer la continuité de la prise en charge, sous réserve du recueil du consentement préalable de l'agent.