Dans le cadre des actions sur le milieu de travail, le médecin du travail est amené à effectuer des visites des lieux de travail. A cet effet, il a libre accès aux lieux de travail. Au cours de ses activités en milieu de travail, il analyse les postes de travail et leurs exigences physiques et psychologiques ainsi que les rythmes de travail. A cette occasion, si le médecin du travail constate l'existence d'un risque ou d'un dysfonctionnement grave pour la santé des agents, il le signale par écrit au chef d'organisme, avec le cas échéant des propositions motivées permettant de corriger la situation constatée.
L'équipe pluridisciplinaire, coordonnée par le médecin du travail, peut également réaliser des actions sur le milieu de travail. A cet effet, les membres de l'équipe pluridisciplinaire peuvent, au même titre que le médecin du travail, être admis à pénétrer dans les zones, installations, bâtiments ou aéronefs dont l'accès est soumis à une autorisation spéciale, accordée, au cas par cas, par l'autorité responsable et dans les conditions permettant d'assurer la protection du secret de la défense nationale.