A la réception du dossier, l'ISBC vérifie sa complétude. Le cas échéant il demande la production des pièces manquantes.
Dès que le dossier de demande d'autorisation est complet, l'ISBC délivre au demandeur un accusé de réception dans le respect des procédures applicables en matière de protection du secret de la défense nationale.
Lorsque l'ISBC estime que des informations complémentaires, des consultations ou des études particulières sont nécessaires pour lui permettre de poursuivre l'instruction, il invite le demandeur à compléter sa demande dans le délai qu'il estime nécessaire. Dans ce cas, le délai de deux mois au terme duquel, à défaut de décision expresse, la demande est réputée rejetée est suspendu pendant le délai imparti pour produire les pièces et informations requises. Toutefois, la production de ces pièces et informations avant l'expiration du délai fixé met fin à cette suspension.
Après instruction de la demande d'autorisation d'activité par l'ISBC, le ministre de la défense décide d'accorder ou non l'autorisation demandée.