Les décisions de versement de fonds sont prises par arrêté du ministre chargé de l'économie, après avis du comité départemental d'examen des problèmes de financement des entreprises saisi conformément au II de l'article 2. Les sommes prêtées sont mises à la disposition des bénéficiaires soit directement par la direction générale du Trésor, soit par l'entremise des établissements spécialisés.
Lorsque la gestion administrative et financière des fonds est confiée à Bpifrance Financement SA, une convention conclue entre l'Etat et Bpifrance Financement SA décrit les modalités de gestion du dispositif et la répartition des tâches entre l'Etat et Bpifrance financement SA, intervenant au nom, pour le compte, et sous le contrôle de l'Etat.
Les flux liés à l'exécution de la convention font l'objet d'un enregistrement comptable distinct.
Les modalités des financements font l'objet de conventions passées entre Bpifrance Financement SA au nom, pour le compte et sous le contrôle de l'Etat d'une part, et l'emprunteur d'autre part.