S'il apparaît au contrôleur budgétaire que la gestion de l'Agence nationale de la cohésion des territoires remet en cause le caractère soutenable de l'exécution budgétaire au regard de l'autorisation budgétaire, la couverture de ses dépenses obligatoires ou inéluctables, la poursuite de son exploitation ou la qualité de la comptabilité budgétaire, il en informe l'ordonnateur par écrit. Celui-ci lui fait connaître dans les mêmes formes les mesures qu'il envisage de prendre pour rétablir la situation budgétaire.
Le contrôleur budgétaire rend compte de ces échanges au ministre chargé du budget et aux ministres chargés de l'aménagement du territoire, des collectivités territoriales et de la politique de la ville.