Lors de chaque audit, l'organisme certificateur enregistre et justifie tout constat et précise les documents examinés. En cas de suspension ou de retrait de la certification, l'organisme certificateur transmet à l'autorité administrative sa décision avec un motif explicite précis dans un délai de 15 jours après l'avoir notifié à l'entreprise agréée.
Tout écart critique notifié à une entreprise certifiée est signalé dans les 15 jours suivant cette notification à l'autorité administrative. Celle-ci est également informée dans un même délai de 15 jours de la levée de cet écart critique.
En application de l'article R. 254-7 du code rural et de la pêche maritime, en cas de changement dans l'entreprise de nature à modifier les conditions au vu desquelles la certification a été accordée, l'organisme certificateur, préalablement informé par son client ou lorsqu'il constate de tels changements dans l'exercice de son activité, informe et transmet à la Direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt, la certification mise à jour en précisant la nature de ce changement. Sont notamment signalés les changements de numéro de SIRET, périmètre d'activités et liste des établissements.