A chaque audit, l'organisme certificateur vérifie le respect par l'entreprise de l'ensemble des exigences des référentiels. Ces vérifications peuvent comprendre une phase d'observation du personnel en activité lorsque cette modalité d'audit est prévue dans le référentiel d'activité.
En audit initial l'organisme certificateur doit être en capacité de remonter à un historique d'enregistrements de l'entreprise jusqu'à deux mois précédant l'audit.