La commission est consultée, en amont des décisions du ministre chargé de l'agriculture prises pour l'application du règlement (UE) 2016/1012 susvisé, sur l'opportunité pour les filières :
1° Des demandes d'approbation des programmes de création d'une nouvelle race ;
2° Des demandes d'approbation des programmes de reconstitution d'une race menacée ou disparue ;
3° Des demandes d'approbation de nouveaux programmes de sélection pour une race faisant déjà l'objet d'un programme de sélection approuvé sur le territoire national ;
4° Des demandes d'agrément de nouveaux organismes ou établissements de sélection.
La commission peut être consultée sur toute autre question du domaine de compétence de ses membres, et en particulier sur les modalités de soutien de l'Etat en faveur de la gestion des ressources zoogénétiques ainsi que sur les projets de textes réglementaires apportant des évolutions significatives au secteur de la génétique animale.
La commission peut être saisie par le conseil d'orientation permanent de l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer), les conseils spécialisés ou les commissions concernés. Elle rend alors compte à ces mêmes instances. Elle peut également être saisie directement par les pouvoirs publics.
Les recommandations et propositions de la commission peuvent faire l'objet d'une présentation dans les conseils spécialisés « viandes blanches », « ruminants » et « produits de la pêche et de l'aquaculture » de FranceAgriMer, pour les sujets qui les concernent, et aux commissions thématiques interfilières de FranceAgriMer. La commission peut également transmettre ces éléments au conseil d'orientation permanent de FranceAgriMer.
La commission peut proposer des sujets d'approfondissement aux conseils spécialisés ou commissions thématiques interfilières concernés de l'établissement afin d'éclairer des aspects spécifiques des thématiques dont elle a la charge.