Les praticiens-conseils recrutés à l'issue du processus de recrutement national bénéficient d'un parcours d'intégration modulaire obligatoire sur une période maximale de douze mois, comportant une formation théorique et pratique. Dès la prise de fonction du praticien-conseil, est mis en place un accompagnement spécifique par un praticien référent spécifiquement compétent à assurer cette fonction.
La formation est dispensée aux praticiens-conseils sur la base d'un programme défini et organisé par le médecin-conseil national adjoint.
A la suite de ce parcours d'intégration et au cours de leur exercice professionnel, les praticiens-conseils bénéficient d'un parcours obligatoire de formation professionnelle continue visant à approfondir et à actualiser les connaissances nécessaires à l'exercice de leurs fonctions. Ce parcours répond aux exigences de la réglementation en vigueur spécifique aux professionnels de santé. Ce parcours doit être réalisé au moins tous les trois ans et en tant que de besoin au regard des nouvelles fonctions confiées aux praticiens-conseils.